Na terenie administrowanym przez Nadleśnictwo Pomorze znajdują się następujące obszary Natura 2000:

*        PLB 200002 – Puszcza Augustowska

*        PLH 200005 – Ostoja Augustowska

*        PLH200007 – Pojezierze Sejneńskie

            Powierzchnia Nadleśnictwa Pomorze pokrywa się w ok. 96% z wyżej wymienionymi obszarami.

  Puszcza Augustowska PLB 200002

            Obszar obejmuje kompleks leśny Puszczy Augustowskiej, leżący na pograniczu Równiny Augustowskiej i Kotliny Biebrzańskiej o powierzchni 134 377,7 ha. Grunty Nadleśnictwa Pomorze zajmują 14799,82 ha obszaru.

            Teren ten pokrywają zasadniczo drzewostany (ok. 90% powierzchni), które w wielu fragmentach zachowały naturalny charakter. Dominują bory, wśród których szczególną uwagę zwracają dobrze zachowane bory wilgotne i bory bagienne. Duże powierzchnie zajmują olsy, zaś dobrze zachowane grądy występują nielicznie. Tereny odlesione zajmują użytki zielone.

            O wartości przyrodniczej obszaru świadczy występowanie co najmniej 40 gatunków ptaków z Załącznika I Dyrektywy Ptasiej, 18 gatunków z Polskiej Czerwonej Księgi (PCK). W okresie lęgowym obszar zasiedla co najmniej 1% populacji krajowej następujących gatunków ptaków: bąk (PCK), błotniak stawowy, błotniak łąkowy, bocian czarny, cietrzew (PCK), dzięcioł białogrzbiety (PCK), dzięcioł trójpalczasty (PCK), dzięcioł zielonosiwy, gadożer (PCK), głuszec (PCK), kania czarna (PCK), kania ruda (PCK), kraska (PCK), łabędź krzykliwy, orlik krzykliwy (PCK), żuraw, włochatka (PCK), podgorzałka (PCK), puchacz (PCK), trzmielojad; w stosunkowo wysokim zagęszczeniu występuje bielik (PCK).

Ostoja Augustowska PLH 200005

            Obszar obejmuje swym zasięgiem  prawie całą polską część Puszczy Augustowskiej, stanowiącej jeden z największych i najlepiej zachowanych kompleksów leśnych Europy środkowo-wschodniej (lesistość terenu blisko 90%), z pominięciem Wigierskiego Parku Narodowego. Powierzchnia Ostoi Augustowskiej wynosi 107 068,7 ha. Z gruntami Nadleśnictwa Pomorze pokrywa się powierzchniowo na 14418,03 ha. Wraz z przyległymi obszarami leśnymi na Litwie i Białorusi Puszcza Augustowska tworzy jeden z największych zwartych kompleksów leśnych na nizinach środkowej Europy. Jest to również niezwykle ważny korytarz migracyjny dla leśnych gatunków flory i fauny, łączący lasy Europy środkowej i wschodniej.

            Jest to ostoja wielu zagrożonych gatunków, przede wszystkim rysia Lynx lynx i wilka Canis lupus (w ostoi znajdują się jedne z ich najstabilniejszych populacji niżowych), także wydry Lutra lutra i bobra Castor fiber. Ogółem stwierdzono tu 10 gatunków zwierząt z Załącznika II Dyrektywy Rady 92/43/EWG.

            Typy siedlisk z I Załącznika Dyrektywy Rady 92/43/EWG zajmują ok. 12% obszaru. Spośród zagrożonych i cennych siedlisk największa powierzchnię zajmują bagienne lasy (91D0). Pośród tego typu lasów szczególne znaczenie mają bagienne lasy sosnowo-brzozowe (zespół Thelypteridi-Betuletum pubescentis). Teren ostoi jest najważniejszym obszarem występowania tego typu siedlisk w Polsce. Spośród rzadkości florystycznych w Puszczy Augustowskiej w tego typu lasach zwracają uwagę storczyki - Malaxis monophyllos i Corallorhiza trifida, oraz turzyce - Carex loliacea  i C. chordorhiza, a także reliktowe mchy - np. Helodium blandowii. Oprócz bagiennych lasów szczególną wartość przedstawiają zagrożone ekosystemy otwartych torfowisk różnego typu, wodne oraz niektóre leśne na glebach mineralnych. Dużą wartość przedstawiają też jeziora ostoi, wykazujące znaczne zróżnicowanie względem trofii (eutroficzne, mezotroficzne), zawartości związków wapnia oraz zawartości tzw. kwasów humusowych (różne typy jezior polihumotroficznych). W niektórych wykształcają się rzadkie fitocenozy z Hydrilla verticillata, a w wodach bogatszych w węglan wapnia - podwodne łąki ramienicowe. Na terenie ostoi występuje 7 gatunków roślin z Załącznika II Dyrektywy Rady 92/43/EWG, z czego dla czterech – aldrowandy pęcherzykowatej, skalnicy torfowiskowej, lipiennika Loesela i sasanki otwartej obszar ma zasadnicze znaczenie w skali Polski, a tutejsze populacje stanowią znaczącą część krajowych zasobów, będąc często najobfitszymi w Polsce (populacje lipiennika i skalnicy nad Rospudą, populacje aldrowandy w ciągu jezior Kanału Augustowskiego).

            Wiele inwazyjnych gatunków obcych, na innych obszarach Polski już szeroko rozpowszechnionych, występuje tu jeszcze nielicznie bądź wcale. Bogactwu przyrodniczemu sprzyja, zachowana jeszcze w obrębie niektórych polan w Puszczy, ekstensywna gospodarka łąkowa i pastwiskowa. Pozostałe tereny to głównie łąki kośne i pastwiska; wiele z nich jest do dziś użytkowanych ekstensywnie. Sieć osadnicza jest słabo rozwinięta.

Pojezierze Sejneńskie PLH200007

            Pojezierze Sejneńskie jest częścią Pojezierza Wschodniosuwalskiego, stanowiącego mezoregion w obrębie Pojezierza Litewskiego. Całkowita powierzchnia obszaru wynosi 13 630,9 ha. Grunty należące do nadleśnictwa pokrywające się z tym obszarem zajmują powierzchnię 674,43 ha.  Większa część obszaru wchodzi w skład rozległego mikroregionu - Pagórki Sejneńskie. Jedynie zachodnia część obszaru (rejon jezior Dowcień, Żubrowo) zaliczana jest obecnie do mikroregionu Pojezierze Wigierskie. Obszar stanowi północne przedpole Puszczy Augustowskiej.

            W skład Pojezierza Sejneńskiego wchodzi teren o wyraźnej polodowcowej rzeźbie, z licznymi formami geomorfologicznymi z tym związanymi (jak moreny, kemy, ozy, jeziora rynnowe i wytopiskowe). Charakteryzuje się on wyjątkowym w skali polskiej części Pojezierza Litewskiego nagromadzeniem jezior. Spośród blisko 60 naturalnych zbiorników o powierzchni powyżej 0,5 ha, aż 34 ma powierzchnię większą niż 10 ha. Łącznie jeziora zajmują prawie 15% powierzchni obszaru. W granicach Pojezierza Sejneńskiego znalazła się dolina rzeczki Kunisianki (Kuniejanki), a także fragmenty dolin m.in. Marychy i Czarnej. Zdecydowana większość cieków obszaru wchodzi w skład dorzecza Niemna. Rzeki Pojezierza Sejneńskiego są niewielkie i charakteryzują się małym spadkiem, natomiast ich doliny są w większości silnie zatorfione.

            Lasy zajmują niecałe 20% powierzchni. Koncentrują się one na północnym skraju Puszczy Augustowskiej w rejonie Berżnik, na terenie torfowisk Żegarskie Bagno i Bobrowe Bagno, a także w włączonych w granice obszaru fragmentach Lasu Krasnopol. Dominują zdecydowanie bory (w tym bory bagienne) oraz bagienne lasy olszowe, głównie olsy. Dominującym elementem krajobrazu w większej części Pojezierza Sejneńskiego są pola uprawne, zajmujące nieco mniej niż połowę powierzchni obszaru. Występuje tu czternaście typów siedlisk z Załącznika I, a także sześć gatunków roślin oraz dziewięć gatunków zwierząt kręgowych z Załącznika II Dyrektywy Siedliskowej (wg SDF). Obszar pełni szczególną rolę dla ochrony lipiennika Loesela Liparis loeselii, a także skalnicy torfowiskowej Saxifraga hirculus, sierpowca błyszczącego Drepanocladus vernicosus, a także dla sasanki otwartej Pulsatilla patens.